DotPlot-Liste

Nucleic Acid Dot Plots Ein einfaches und übersichtliches online-Tool zur Erstellung eines DotPlots Das Programm benötigt zwei Nukleinsäuresequenzen, die in zwei Boxen eingefügt werden. Wird eine RNA-Sequenz verwendet, wird jedes U automatisch durch ein T ersetzt, so dass auch RNA-DNA-Vergleiche durchgeführt werden können (z.B. Intronsuche). Der Sequenzvergleich wird grafisch dargestellt. Es stehen zwei benutzerdefinierte Parameter zur Verfügung (Fenstergröße und Mismath Limit) um die errechnete Matrix zu kontrollieren.E http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/

J_Dotter Java Dot Plot Alignments (JDotter) ist ein Plattform-unabhängiges Java interactives Interface der Linuxversion von Dotter. http://pgrc.ipk-gatersleben.de/jdotter/

dotlet Dotlet ist ein JAVA-Tool zum Erstellen und Interpretieren von Dotplots. Unter "learn by example" sind einfache Beispiele zur Interpretation von Dotplots aufgeführt, die nahezu 1:1 in den Unterricht übernommen werden können. http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet

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Primersuche

Analyse von Nucleotidsequenzen für molekularbiologische Anwendungen

Online - Tool zur Erstellung von Restriktionskarten Mit diesem online-Tool können DNA-Sequenzen bis maximal 300 Kilobasen geladen und mit verschienen Restrikionsenzymen "verdaut" werden. Ausgegeben wird eine Restriktionskarte oder alternativ ein Gelbild, auf dem die Restriktionsfragemente der Länge nach aufgetrennt dargestellt sind. http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php

Online - Tool zur Bestimmung von PCR-Primern Es handelt sich um ein sehr mächtiges online-Tool Ermittlung von PCR-Primern. Ausgehend von einer Nucleinsäuresequenz im FASTA-Format können verschiedene Parameter festgelegt werden um ein ideales Primerpaar zur Amplifizierung eines gewünschten Sequenzabschnittes zu ermitteln. http://bioinfo.ut.ee/primer3/

Primer 3 - Download In der neuesten Version werden Downloadpakete für Windows, Mac und Linux angeboten. Unabhängig von einem Internetzugang können so auch offline Primer "designed" werden. http://primer3.sourceforge.net/releases.php

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Programmieren

Programmieren in der Mustererkennung

Programmieren

Perl - Anwendungssoftware Downloadquelle der Open-Source-Software "Perl": Die komplette Perl-Distrubion für die Plattformen Windows, Mac OS X, Linux, Solaris, AIX, and HP-UX als frei downloadbares  ActivePerl - Paket (nicht für gewerbliche Zwecke bestimmt).

Perl - Bioperl Bioperl - das Portal für biologische Perl-Anwendungen Beim Bioperl - Projekt handelt es sich um eine internationale Vereinigung von Softwareentwicklern, deren Ziel es ist Perl - Werkzeuge für Bioinformatik, Genomik and Life Science - Anwendungen zu entwickeln und zur Verfügung zu stellen.

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Programmieren mit Perl

Ein Kurs zum Erlernen von Perl

Perl - EMBL Teaching Base Unterlagen zur Lehrerfortbildung "Perl" In 10 unabhängigen Blöcken führt dieser Kurs ein, wie mit Hilfe von selbst geschriebenen Computer-Programmen Probleme der biologischen Datenverarbeitung (Bioinformatik) gelöst werden können. Im Vordergrund steht das schrittweise Erlernen und Anwenden der Programmiersprache Perl auf Sachverhalte aus der DNA- und Proteinsequenzanalyse. Zahlreiche Übungsaufgaben, Musterlösungen und Beispiele in verschiedenem Schwierigkeitsgrad bieten sich zur Verwendung als Unterrichtsmaterial an. http://www.embl.de/training/scienceforschools/teacher_training/teachingbase/perl_germ/

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Von Genen und Genomen

Gendatenbanken? Wozu braucht man die bloß? Sind die auch zu irgendetwas nütze? Anhand von Nachrichten aus unterschiedlichen Bereichen wird das Potenzial und die Bedeutung von Gendatenbanken aufgezeigt.

Phytophtora infestans und sein Genom

Ein Pilz, mit dem nicht zu spaßen ist: Phytophtora infestans

Alzheimer-Gene entschlüsselt

Wissenschaftler entdecken neue "Alzheimer"-Gene

Panda-Genom entschlüsselt

Chinesische Wissenschaftler entschlüsseln das Panda-Genom

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Primäre und sekundäre Gendatenbanken

Primäre und sekundäre Gendatenbanken

Ein Wegweiser zu frei verfügbaren Gendatenbanken im Internet

NCBI Genbank Nationale Gendatenbank der USA (NIH - National Institute of Health - genetic sequence database) Die "NCBI Genbank" (USA) zählt neben der "Embl Nucleotide Sequence Database" (EU) und der DDBJ (Japan) zu den weltweit größten Gendatenbanken. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html

Embl Nucleotide Sequence Database Gendatenbank der EMBL-EU-Forschungseinrichtung Die "Embl Nucleotide Sequence Database" (EU) zählt neben der "NCBI Genbank" (USA) und der "DDBJ" (Japan) zu den weltweit größten Gendatenbanken. http://www.ebi.ac.uk/embl/

Ensembl - Gendatenbank Ensembl - Archivierte Gendatenbankversionen ab dem Jahr 2004 Ensembl bietet als Sekundärdatenbank Einblick in zahlreiche bereits sequenzierte Genome ganz unterschiedlicher Spezies. http://www.ensembl.org/index.html

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Bildungsstandards / Bildungspläne

Bioinformatik

Der Lehrplan / Bildungsplan für das "Berufliche Gymnasium der dreijährigen Aufbauform - biotechnologische Richtung" wurde für das Fach "Bioinformatik" seit seiner Einführung mehrfach modifiziert.

Die ursprüngliche Version stammt aus dem Jahr 2001. (Version 2001-11-28, Landesinstitut für Schulentwicklung, L - 01/3244 02).

Der aktuell gültige Lehrplan (Version 2007-06-22, Landesinstitut für Schulentwicklung, L - 07/3498) wird vom Landesinstitut für Schulentwicklung als Download zur Verfügung gestellt.

Direkt zum Download gelangen Sie hier   Download aktueller Lehrplan Bioinformatik.

Handreichungen Bioinformatik Zusammenstellung, der zum Fach Bioinformatik erschienenen Handreichungen http://www.ls-bw.de/dienstleistungen/beruflschulen/umat/hauswirtschaft/Bioinformatik

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