Mittwoch, 17. September 2014

DotPlot-Liste

DotPlot-Liste


Ein einfaches und übersichtliches online-Tool zur Erstellung eines DotPlots
Das Programm benötigt zwei Nukleinsäuresequenzen, die in zwei Boxen eingefügt werden. Wird eine RNA-Sequenz verwendet, wird jedes U automatisch durch ein T ersetzt, so dass auch RNA-DNA-Vergleiche durchgeführt werden können (z.B. Intronsuche).
Der Sequenzvergleich wird grafisch dargestellt.
Es stehen zwei benutzerdefinierte Parameter zur Verfügung (Fenstergröße und Mismath Limit) um die errechnete Matrix zu kontrollieren.E
Java Dot Plot Alignments (JDotter) ist ein Plattform-unabhängiges Java interactives Interface der Linuxversion von Dotter.
Dotlet ist ein JAVA-Tool zum Erstellen und Interpretieren von Dotplots.
Unter "learn by example" sind einfache Beispiele zur Interpretation von Dotplots aufgeführt, die nahezu 1:1 in den Unterricht übernommen werden können.

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